跨入新世纪的晋元高级中学，迎来了它的百年华诞，这是学校的大喜日子，也是一个值得纪念的日子。1904年，在上海公共租界诞生了第一所华人子弟学校，这就是晋元的前身：华童公学。它在历史风云中走过了百年历程，为我们留下了弥足珍贵的精神财富。百年晋元历经民主革命、抗日战争、解放战争的 硝烟，沐浴新中国的春风，经受文革的创伤......曾六迁校址，六易校名。翻开晋元的历史，我们可以 发现西学东渐之风在中国现代教育发展中的轨迹；可以感受爱国主义精神在中国学子中薪火相传，熠熠生辉；可以目睹历届学子为祖国创造的荣耀；可以看到新中国的建立给中国教育带来的勃勃生机；更可以认识改革开放给中国教育带来的伟大振兴。
跨入新世纪的晋元将“选择教育”作为自己的办学理念，为学生营造了优越的学习环境，致力于让每一个学生都能踏上卓越发展的最佳通道。我们要继承百年晋元的光荣传统，坚持改革，牢固树立“以学生为本”的教育理念，办人民满意的教育，为学生构筑充分发展的空间，培养能适应21世纪社会发展需要的新一代高素质人才，将晋元办成富有国际视野和校本特色的新型社会主义试验性、示范性的寄宿制高中。
目前，学校现有特级教师、高级教师40余人，博士、硕士研究生20余名。学校完善教学管理，以“自主学习、...
教育为本，以德治校
近年来，学校高考升学率均达65%，重点大学录取率达2%以上。
晋元的办学理念是“学会选择、主动学习、卓越发展”，实行“套餐式”组合课程、“走班制”运作方式、“学分制”管理模式。
晋元推行研究性学习，2000年1月被上海市教委定为上海市向全国介绍研究性学习经验、培训上海市骨干教师的三所学校之一，成为承担教育部研究性学习课题的六所学校之一。数学、外语、物理、化学和信息技术五门基础学科实行选择走班，体育实施选项。学校共开设了可供学生选择的300多门拓展型课程，还开设了第二外语：法、德、俄、日语等，供学生选择。学生根据自己个人的基础、兴趣和能力，组合课程，每个学生都有一张具有个性特色的课程表。
晋元的育人模式受到了海内外教育同行的关注和称道，中央电视台新闻联播节目、中国教育报、解放日报、上海电视台等多家新闻媒体曾作专题报道。
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